ตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดน่าน เปิดทำการครั้งแรก เมื่อ พ.ศ.2505 ตามประกาศกระทรวงมหาดไทย ลงวันที่ 25 ธันวาคม 2505 ใช้ชื่อว่า ด่านตรวจคนเข้าเมืองอำเภอเมืองน่าน สังกัด กองกำกับการตรวจคนเข้าเมืองเขต กองตรวจคนเข้าเมือง กรมตำรวจ

ปี 2537 มีประกาศกระทรวงมหาดไทย ลงวันที่ 23มกราคม 2537 เปลี่ยนชื่อเป็น ด่านตรวจคนเข้าเมืองน่าน

ปี 2548 มีพระราชกฤษฎีกาปรับโครงสร้างสำนักงานตำรวจแห่งชาติ เมื่อ 30 มิถุนายน 2548 โดยสำนักงานตรวจคนเข้าเมือง กำหนดให้ ตรวจคนเข้าเมืองน่าน อยู่ในสังกัด ศูนย์ตรวจคนเข้าเมืองภาคเหนือ

ปี 2552สำนักงานตรวจคนเข้าเมือง มีคำสั่งที่ 38/2552 ลง 5 กุมภาพันธ์ 2552 กำหนดพื้นที่รับผิดชอบให้ตรวจคนเข้าเมืองน่าน มีภารกิจตาม พระราชบัญญัติคนเข้าเมือง พ.ศ.2522 ในพื้นที่ 5 จังหวัด ได้แก่ น่าน แพร่ อุตรดิตถ์ พิษณุโลก และเพชรบูรณ์ 7 กันยายน 2552 สำนักงานตำรวจแห่งชาติมีพระราชกฤษฎีการปรับโครงสร้าง ให้ด่านตรวจคนเข้าเมืองน่าน เปลี่ยนชื่อเป็น ตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดน่าน รับผิดชอบพื้นที่จังหวัดน่าน แพร่ และอุตรดิตถ์ ตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดน่าน ตั้งอยู่เลขที่ 557หมู่ 11( ศูนย์ราชการจังหวัดน่าน) ถ.น่าน-พะเยา ต.ไชยสถาน อ.เมือง จว.น่าน 55000 โทรศัพท์ 054 716 138-5โทรสาร 054716135

ปี 2559 สำนักงานตำรวจแห่งชาติมีประกาศ ลงวันที่ 25 เมษายน 2559 เรื่อง กำหนดหน่วยงานและเขตอำนาจ การรับผิดชอบ (ฉบับที่ 15) แยกจังหวัดอุตรดิตถ์ ออก เป็นตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดอุตรดิตถ์ ทำให้ ตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดน่านมี พื้นที่รับผิดชอบคงเหลือ จังหวัดน่าน จังหวัดแพร่และยกฐานะขึ้นเป็นระดับกองกำกับการตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดน่าน

ปี 2562 สำนักงานตำรวจแห่งชาติมีประกาศ ลงวันที่ 5 กุมภาพันธ์ 2562 เรื่อง กำหนดหน่วยงานและเขตอำนาจการรับผิดชอบหรือเขตพื้นที่การปกครอง (ฉบับที่ 23) พ.ศ.2562 แยกจังหวัดแพร่ ออก เป็นตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดแพร่ ทำให้ ตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดน่านมี พื้นที่รับผิดชอบคงเหลือเฉพาะจังหวัดน่าน